Joseph Humbertus Pilates nasceu em Dussodorf, Alemanha em 1880.
Foi um menino doente afetado por asma, raquitismo e febre reumática. Superou as suas limitações físicas com exercícios como a ginástica, acrobacia e yoga, chegando a converter-se, em 1914, em modelo de desenhos anatómicos.
Insatisfeito com os métodos físicos existentes na época começou a elaborar uma técnica física que todos pudessem praticar, um método físico universal baseado no ideal corporal grego e no estudo de todas as técnicas físicas existentes.
Foi o princípio do seu método que se desenvolveu durante toda a sua vida.
Em 1912, devido ao crescimento do nazismo, decidiu emigrar para Inglaterra com um grupo de circo onde trabalhava como acrobata. Durante a sua permanência em Inglaterra, trabalhou também como instrutor de defesa pessoal para os detetives da Scotland Yard e interessa-se pelo boxe, desporto que lhe veio a custar a visão de um olho.
Durante a primeira guerra mundial foi detido e mantido encarcerado num campo de refugiados. Ali começou a treinar os seus colegas que resistiram, graças ao seu treino, à epidemia de gripe que arrasou a Inglaterra durante esse inverno.
É no hospital deste campo, onde chegavam mutilados dos bombardeamentos de Londres, que Pilates se interessa pela reabilitação de vários problemas físicos colocando molas nas camas do hospital. Este é o início do desenho do equipamento hoje chamado de Cadillac. Todo o trabalho efetuado neste campo deu credibilidade ao seu método e aos seus princípios.
Sendo já reconhecido em Inglaterra, regressa à Alemanha quando a guerra termina. Neste tempo, o seu método é já conhecido pela comunidade da dança, especialmente por Rudolph Van Laban, criador do estilo de dança ainda hoje vigente. Hanya Holm também adotou o seu sistema de exercícios e forma parte do programa de treinamento da técnica Holm. Quando Joe (Joseph) foi chamado como instrutor do exército alemão, decide abandonar definitivamente a Alemanha.
Em 1926, emigra para os Estados Unidos. Durante a viagem, conhece Clara, com quem viria a casar-se mais tarde. Ao chegar a Nova York, abrem um estúdio, compartilhando a direção com o New York City Ballet, o que facilitará o contacto de Pilates com pessoas como Ruth Saint Denis, Ted Shawn, Martha Graham, e daí a presença de vários movimentos de dança dentro do Método. Em 1960, George Balanchine convida Pilates a treinar as jovens bailarinas de ballet de Nova York. Assim, Joe encontra-se com Romana Kryzanowska, futura discípula e herdeira do seu método aquando da sua morte. O contacto com o mundo do ballet dá-lhe uma grande popularidade dentro e fora dos Estados Unidos. Nos anos 70, as celebridades descobriram o Pilates e isto veio dar grande repercussão ao sistema, já que os media começaram a interessar-se por Pilates nos anos 80.
Durante um incêndio acidental nos anos 70, Pilates terá inalado muito fumo, adoecendo e morrendo pouco tempo depois. Pilates disse “estou 50 anos à frente do meu tempo” e, de facto, não se enganou. Atualmente mais de 5.000.000 de americanos praticam Pilates e os números continuam a crescer.